Die Ausgaben der Edition enthalten in jedem Band drei Register:

a) der Personen
b) der Orte
c) der Bibelstellen.

Angefügt ist ein Verzeichnis der Fundorte, sowie ein Schlüssel zu den zeitgenössischen Sammlungen von Ph. J. Speners Bedenken und Briefen.
Dem jeweils letzten Band eines Moduls wird ein d) Sachregister beigegeben.

a) Das Personenregister notiert das Vorkommen aller namentlich erfassbaren Personen, und zwar neben den historischen und fiktiven Personen (z.B. aus der Mythologie) auch Konfessionsgemeinschaften (Papsttum, Römisch-Katholische Kirche, Reformierte, Calvinisten, Lutherische, etc.). Körperschaften finden sich unter ihrem Sitz im Ortsregister. Adelige sind unter dem Namen ihres Hauses, nicht ihres Eigennamens eingeordnet.
Nicht aufgenommen sind namentlich nicht näher bestimmbare Personen, Ephiteta (z.B. die Kirchenmutter) und biblische Personen, sofern sie nur im Zusammenhang mit einer bestimmten Bibelstelle genannt und daher über das Bibelstellenregister erschlossen sind. Nicht aufgenommen sind ferner moderne Autoren (in unserer Ausgabe mit Ausnahme von Bibliographien in Kapitälchen gesetzt) sowie die Herausgeber der alten Gelehrtenlexika.
Die Briefpartner Speners sind mit den dazugehörigen Briefen (Briefnummern!) durch halbfetten Druck hervorgehoben. Die Briefe der nicht identifizierten Empfänger finden sich unter den Buchstaben N. Wie Ph. J. Spener grundsätzlich nicht in das Register aufgenommen ist, so auch nicht seine Briefpartner innerhalb der an sie gerichteten Briefe.
Die Seitenzahlen sind recte gesetzt, wenn die betreffende Person in dem Brieftext selbst vorkommt, kursiv, wenn sie nur im erläuternden Kommentar zu finden oder ihre Identifizierung unsicher ist.

b) Im Ortsregister sind sowohl eigentliche Orte wie durch geographische Namen determinierte Personen und Personengruppen aufgenommen, also Ortschaften (z.B. Dresden), Länder und Staaten (z.B. Landgrafschaft Hessen-Darmstadt), aber auch Völker (z.B. Engländer, Russen) und Körperschaften (z.B. Universität Wittenberg). Ausgeschlossen bleiben die zahlreichen reinen Ortsbezeichnungen in den Anmerkungen, vor allem also die Studienorte in den Biogrammen und die Erscheinungsorte der zeitgenössischen Literatur.
Im Übrigen gelten die Merkmale des Personenregisters: Halbfett sind die Aufenthaltsorte der Briefpartner mit den dazugehörigen Briefnummern, recte das Vorkommen im Brieftext und kursiv das ausschließliche Vorkommen im Kommentar notiert (gilt nur für durch Ortsnamen identifizierte Personen bzw. Personengruppen). Die Orte Frankfurt und Dresden wurde nur dort aufgenommen, wo Spener auf spezifische Ereignisse dort zu sprechen kommt (z.B. die Pest, Besucher, etc.).

c) Das Bibelstellenregister verzeichnet sowohl die von Spener explizit angeführten Bibelworte als auch die von ihm benutzten biblischen Redewendungen und Anspielungen, soweit in den Anmerkungen nachgewiesen werden.

d) Das Sachregister bezieht sich auf alle Bände eines Moduls. Es erschließt Zusammenhänge, die nicht durch das Orts‑ und Personenregister erkennbar werden, benötigt diese Register jedoch als Ergänzung. Dopplungen gegenüber diesen können nicht ausgeschlossen werden. Die Stichworte orientieren sich einerseits an den im Text vorkommenden Begriffen, sind andererseits auch systematische Formulierungen der vorkommenden Themen und Sachzusammenhänge. Sie beziehen sich in der Regel auf den edierten Text, nicht aber auf die Regesten und kommentierenden Apparat. Unterbegriffe (mit Spiegelstrich) helfen, die Überschaubarkeit von Begriffe, die häufig vorkommen, zu verbessern. Querverweise sollen Dopplungen im Register vermeiden helfen, können aber nicht völlig ausgeschlossen werden. Die römische Zahl bezieht sich jeweils auf den Band, die arabische auf die Seitenzahl. Verweise auf das Personenregiser beziehen sich auf die Register in allen Bänden.

Das Verzeichnis der Fundorte gibt die im Band wiedergegebenen Handschriften und Drucke an.

Der Schlüssel zu den zeitgenössischen Sammlungen von Ph. J. Speners Bedenken und Briefen dient dazu, Briefe, die bislang nach dessen alten Ausgaben zitiert wurden, in der vorliegenden Ausgabe wiederzufinden.